Bentuk-bentuk alternatif dari gen pada suatu lokus yang memiliki pengaruh berlawanan disebut alel.
Alel adalah variasi atau bentuk alternatif dari suatu gen yang terletak pada lokus (posisi) yang sama pada kromosom homolog.
Alel biasanya berpasangan, di mana satu alel mungkin dominan dan yang lainnya resesif.
Alel dominan akan menutupi ekspresi alel resesif, menghasilkan fenotipe yang sesuai dengan sifat dominan tersebut.
Misalnya, pada tanaman ercis, alel untuk warna bunga ungu (dominan) dan warna putih (resesif) berada pada lokus yang sama dan mempengaruhi warna bunga secara berlawanan.
Alel-alel pada suatu gen mengkode sifat-sifat yang berbeda dan dapat berinteraksi untuk menentukan karakteristik fenotipik (penampilan fisik) individu.
Dalam persilangan genetik, pasangan alel bisa berupa homozigot (dua alel yang sama, misalnya AA atau aa) atau heterozigot (dua alel berbeda, misalnya Aa).
Pada kondisi heterozigot, jika salah satu alel bersifat dominan, sifat ini akan muncul dalam fenotipe, sedangkan alel resesif akan tersembunyi.
Contoh pewarisan sifat yang dipengaruhi alel dapat ditemukan dalam warna bunga, warna mata, dan tekstur rambut.
Sifat dominan biasanya ditandai dengan huruf kapital (A), sedangkan sifat resesif dengan huruf kecil (a).
Jadi, jika seseorang memiliki pasangan alel Aa untuk suatu sifat, alel dominan (A) akan menutupi alel resesif (a), dan fenotipe yang terlihat akan sesuai dengan sifat dominan.